Hola compañero,
Lamento que tu novia y tú os veáis en esta situación pero me temo que el consulado al que se ha dirigido tu chica está cumpliendo escrupulosamente con la ley.
Quiero entender (no lo aseguro porque no lo mencionas) que el problema es el lugar de expedición del pasaporte ruso de tu novia, la República de Crimea. Crimea no está reconocida como territorio ruso por la comunidad internacional (la ONU y otros organismos). Por lo tanto, ese pasaporte no es documento de viaje válido. En Crimea sólo puede estar expedido un pasaporte ucraniano, y eso es ahora mismo imposible desde la ocupación rusa.
Lo que puede hacer tu novia es: o bien obtener un pasaporte ucraniano o que le expidan su pasaporte ruso en Krasnodar. En cualquiera de estos casos no tendrá problema para tramitar su visado, con la salvedad de que en el primer caso tiene que dirigirse al consulado del país en cuestión en Kiev, y en el segundo al consulado en Moscú.
Te dejo este enlace con un caso similar: