Siempre que tengas visado vigente, mucho me temo que no te van a emitir otro para anular el anterior sólo porque hayas agotado los 90 días o estés cerca de hacerlo.
Si tuvieras dos pasaportes con números distintos, sí podrías conseguir un visado nuevo en el segundo pasaporte y jugar con los dos para no exceder la norma 90/180 en cada uno. Por ejemplo, mucha gente del Reino Unido tiene dos pasaportes y podrían hacer eso, pero si eres español, sólo te emiten dos pasaportes en caso de conflicto de países emisores de visado (Israel y países árabes, por ejemplo).